Giao thông không thuận lợi, chính sách xuất nhập khẩu thay đổi, hạng tầng nhếch nhác, xuống cấp là những nguyên nhân chính dẫn đến Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo ngày càng vắng bóng các nhà đầu tư. Lượng người và phương tiện làm thủ tục xuất nhập cảnh qua Cửa khẩu Cầu Treo cũng thưa thớt, có những thời điểm khu kinh tế được xem là trọng điểm này “vắng như chùa Bà Đanh”.