Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường phân công các Thứ trưởng giúp Bộ trưởng chỉ đạo, xử lý các nhiệm vụ, công việc thường xuyên thuộc thẩm quyền của Bộ trưởng theo từng lĩnh vực quản lý.