Nguyên nhân chính không xét xử được là lô gỗ vật chứng (nhập khẩu qua hải quan 535,8m3 nhưng bị cơ quan điều tra cáo buộc 614,672m3) đã bị bán trong quá trình điều tra.
Tóm tắt vụ án như sau: Ngày 17.12.2011, tại CKQT Lao Bảo, Cty TNHH MTV Ngọc Hưng mở tờ khai hải quan, nhập 535,8m3 gỗ trắc từ Lào, nộp thuế đầy đủ; ngày 19.12.2011, Cty Ngọc Hưng mở tờ khai xuất khẩu nguyên lô gỗ đã đóng vào 22 container, sang Hồng Kông (Trung Quốc). Khi chở gỗ xuống tàu ở cảng Đà Nẵng, cơ quan chống buôn lậu thuộc Tổng cục Hải quan ra lệnh bắt giữ, khám xét, sau đó khởi tố vụ án “buôn lậu” và chuyển hồ sơ C44 điều tra.
Khi vụ án đang trong quá trình điều tra thì ngày 31.7.2013, C44 có “Quyết định xử lý vật chứng” số 21/C44-P4 do đại tá Lê Đình Nhường - Cục trưởng C44 ký, cho tổ chức bán đấu giá lô gỗ trắc tang vật. Nhưng ngày 12.8.2013, cũng đại tá Nhường ký công văn số 468/C44-P4 tạm dừng tổ chức bán đấu giá vì “có một số vấn đề mới phát sinh cần phải xử lý liên quan lô gỗ”.
Tuy nhiên, sau đó lô gỗ trắc tang vật vẫn bị đem bán đấu giá bất chấp kết luận của cuộc họp liên ngành tư pháp Trung ương vào ngày 24.9.2013: “Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an chuyển toàn bộ lô gỗ là vật chứng theo hồ sơ vụ án để các cơ quan tiến hành tố tụng tiếp theo xử lý theo thẩm quyền”.
Ngày 11.12.2013, Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao có quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Ngày 23.12.2013, đại tá Lê Đình Nhường ký công văn số 3599/C44-P4 gửi Trung tướng Phan Văn Vĩnh (khi đó là Tổng cục Trưởng, Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an) xin ý kiến chỉ đạo “xử lý vật chứng của vụ án”.
Bốn ngày sau, Trung tướng Phan Văn Vĩnh ký công văn số 900/C41-C44 “Về việc xử lý vật chứng vụ án” đề xuất: “Cho xử lý lô gỗ là vật chứng của vụ án theo hướng bán lô gỗ vật chứng của vụ án”. Dù không được bất cứ cơ quan trung ương nào cho phép, nhưng vào ngày 10.1.2014, cuộc bán đấu giá lô gỗ tang vật theo công văn của C44 do đại tá Lê Đình Nhường và Trung tướng Phan Văn Vĩnh ký cũng đã diễn ra, một đại gia gỗ ở Bắc Ninh đã mua được với giá 63,9 tỉ đồng.
Về vụ án này, tất cả các bị can là doanh nhân, nhân viên hải quan cho đến cán bộ lãnh đạo đương nhiệm của các Chi cục Hải quan TP.Đà Nẵng, tỉnh Quảng Trị đều lên tiếng cho rằng quá oan ức, phi lý. Riêng vợ chồng doanh nhân Trương Huy Liệu (Cty Ngọc Hưng) đứng đơn tố cáo rằng lô gỗ tang vật đã bị bán tháo dưới giá trị thực nhiều lần, lô gỗ đó phải có giá bán khoảng 300 tỉ đồng tại thời điểm đấu giá.
Cuối năm 2017, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Quảng Trị sau hơn 10 ngày giám sát phiên tòa do TAND TP.Đà Nẵng xử vụ này đã có văn bản kiến nghị với Ban Nội chính T.Ư, Ban Phòng, chống tham nhũng T.Ư nêu rõ: “Khi lô hàng còn trong quá trình điều tra thì Cơ quan Cảnh sát điều tra, Viện kiểm sát Nhân dân không có thẩm quyền bán vật chứng mà phải chờ bản án có hiệu lực pháp lý của tòa án.
Trong lúc vụ án chưa kết thúc điều tra, chưa được đưa ra xét xử mà Cơ quan điều tra đã bán lô hàng vật chứng là vi phạm nghiêm trọng Điều 75, Điều 76 Bộ luật Tố tụng Hình sự. Hơn nữa, trước đó (ngày 24.9.2013), kết luận của cuộc họp lãnh đạo liên ngành Tư pháp Trung ương là: Chuyển lô gỗ vật chứng theo hồ sơ vụ án để các cơ quan tố tụng tiếp theo xử lý theo thẩm quyền”.
