Mặc dù đã được xây dựng, đưa vào sử dụng từ lâu, tuy nhiên do chưa có đơn vị khai thác công trình đích thực nên việc khai thác, quản lý, vận hành công trình hồ chứa nước thủy lợi Ngàn Trươi (Hà Tĩnh) đang gặp không ít khó khăn.